비기독교인들이 기독교에 대해 궁금해하는 것 중 하나는 “기독교에는 왜 이렇게 교파가 많은가?”입니다. 이러한 의문은 기독교인들도 가질 수 있는 것입니다. 따라서 기독교에 대한 올바른 이해를 돕기 위해서 오늘날과 같은 다양한 교파가 생겨난 역사를 살펴볼 필요가 있겠습니다.
 
1) 기독교 교파의 시작
   교회사에서 교단이 발생한 것은 견해와 입장의 차이에 의해 초래되었습니다. 물론 일부는 세속적 동기에 의해 발생하기도 하였습니다. 1054년 교회가 동·서로 분열하기 전까지 교회는 이단자들과 구별하여 보편적인 교회라는 의미로 ‘가톨릭교회’라고 여겼습니다. 그러나 교회가 동방과 서방으로 분열되면서 서방은 가톨릭교회로 동방은 정교회로 칭하면서 교단이 발생하였습니다. 가톨릭교회는 오늘날의 ‘로마가톨릭교회가 되었고, 정교회는 동유럽 지역의 다양한 정교회들(그리스 정교회, 러시아 정교회, 아르메니아 정교회 등)의 기원이 되었습니다.
   16세기 로마가톨릭교회의 사제였던 루터는 새로운 교파를 형성하고자 하는 마음이 없었고, 단지 자신이 속한 로마가톨릭교회가 개혁되기를 원했습니다. 그러나 루터가 당시의 로마가톨릭교회로부터 배척받으면서 자연스럽게 루터의 신학과 주장을 따르는 무리가 루터교회로 구별되었습니다. 루터가 성경적 복음을 회복했다고 자임하면서 자신의 무리를 ‘복음주의자’라 칭하였고, 로마가톨릭교회로부터는 ‘프로테스탄트(protestant)', 즉 '개신교도’로 불리게 되었습니다. 이후 종교개혁을 지향하는 무리를 모두 개신교라 부르게 되었습니다.
 
2) 개신교 내의 다양한 교파
   루터와 비슷한 시기에 스위스 취리히에서 종교개혁을 주도한 츠빙글리(Ulrich Zwingli)의 무리는 조금 후에 스위스 제네바에서 종교개혁을 주도한 칼빈(프랑스어: Jean Calvin, 영어: John Calvin)의 무리와 연합하게 되면서 ‘개혁교회’가 되었습니다. 스코틀랜드의 존 낙스(John Knox)는 칼빈이 제네바에 세운 학교에서 공부하면서 칼빈의 사상을 습득한 후 스코틀랜드로 돌아가 ‘장로교회’를 세웠습니다.
   영국국교회, 즉 ‘성공회’가 로마가톨릭교회로부터 분리한 것은 다분히 정치적이고, 영국 왕 헨리 8세의 개인적 욕망이 작용한 측면이 있었지만, 그 외의 다양한 교단들의 형성은 역사 가운데 다양한 신학적 견해 차이와 입장에 따라 형성된 결과라고 할 수 있습니다.
   17세기 초 영국에서 시작된 침례교인들이 자기 스스로 ‘침례교회’라고 칭하지 않았지만, 타인들에 의해 그렇게 불려서 침례교회라는 명칭의 교단이 되었습니다. 감리교회는 18세기에 영국국교회의 사제였던 존 웨슬리의 부흥 운동으로 영국 국교회 내의 무리가 웨슬리 사후 분리되어 나오면서 타칭(他稱) 감리교도로 불리면서 시작된 교단입니다. 이처럼 많은 교단들은 자칭(自稱)이 아닌 타칭(他稱)에 의해 교단 명을 갖게 되었습니다.
   유럽에서는 나라마다 국교가 지정되었고, 그 교회 외엔 모두 비국교도로서 차별을 받아야 했습니다. 예를 들어 독일, 덴마크, 노르웨이, 스웨덴의 경우 ‘루터교회’가 국교회(state church)였고, 프랑스와 스페인은 ‘로마가톨릭교회’가 국교회였으며, 잉글랜드의 경우 ‘성공회’가 국교회였습니다. 그러나 아메리카 대륙의 영국의 식민지 13개 주가 미합중국으로 독립하면서 그들의 헌법에 종교의 자유를 명시함으로써 미국에서는 다양한 교파가 자유롭게 경쟁할 수 있었습니다. 이로써 유럽형 기독교는 ‘국가 교회형 기독교’(State Church Christianity)인 데 반하여 미국형 기독교는 ‘교파형 기독교’(denominational christianity)가 되었습니다.

   정리하면, 기독교회는 언어적 문화적, 그리고 정치적 차이에 따라 1차 로마가톨릭교회와 정교회로 분리되었습니다. 16세기에 로마가톨릭교회 내에서 종교개혁이 일어나면서 이른바 개신교회가 출현하게 되었습니다. 개신교회는 단일한 그룹이 아니라 지역, 종교개혁의 상황과 과정에 따라 다양한 그룹이 출현하였고, 그에 따라 다양한 교파가 생겨났습니다. 기독교는 유럽에서는 한 국가에 하나의 교회 형태만 인정되는 국가교회 형태였습니다. 그러나 신대륙에서 미국이 독립하면서 신앙의 자유 가운데 다양한 교파들이 경쟁할 수 있게 되었습니다. 즉 교파형 기독교가 신대륙에서 형성된 것입니다.
   이처럼 다양한 개신교회 중에 16세기에 신자의 침례(Believer's Baptism)와 신자들의 모임(A gathering of believers)으로서 교회를 이루고자 했던 무리가 있는데, 그들을 국가교회 체제로부터 자유를 추구한다고 하여 자유교회들(free churches) 또는 자유교회 전통(free church tradition)을 따르는 교단들이라고 부릅니다. 그렇게 본다면, 개신교를 크게 두 부류로 구분할 수 있을 것입니다.